Desta vez, você deve reinstalar todas as ferramentas com os instaladores.
Depois de instalar todos os programas que você deseja manter, abra um cmd como administrador e execute este recimg comando:
recimg -CreateImage C:\RefreshImage
Isso captura um instantâneo do seu Windows e também inclui todos os programas da área de trabalho e registra a Imagem como fonte para a atualização. Na próxima vez que você fizer uma atualização, a imagem recimg será usada e todos os aplicativos da área de trabalho serão restaurados.