O que você ouviu foi o ruído e não é incomum em muitos mecanismos. Muitas pessoas não percebem isso, especialmente em comparação ao barulho dos fãs que a maioria dos computadores tem. Mas se você tiver uma caixa NAS sem ventoinha e estiver em uma sala onde você está tentando dormir, isso pode deixá-lo louco!
E, sim, pode muito bem ter ficado mais calmo depois de um tempo. Os rolamentos são lubrificados e isso pode demorar um pouco para se acalmar. Se os discos estiverem funcionando silenciosamente, não me preocupo com isso.
Uma coisa interessante é que os discos geralmente falham na inicialização após uma queda de energia. Mesmo os discos baratos podem ser executados por anos, muitas vezes sem problemas, se mantidos ligados, embora a densidade de informações das gerações atuais de discos seja tão alta que basta apenas um pequeno problema transitório para fazer uma bagunça.
Se o SMART estiver ligado, verifique se eles não estão gerando altos níveis de erros sob carga e se a temperatura não está aumentando. Não, claro, verifique-os quando o sistema não estiver fazendo nada. Mas duvido que você encontre algo errado.