Parece que você está simplesmente especificando o caminho errado. Você não forneceu nenhuma informação sobre o que você está realmente fazendo, então isso é apenas especulação. Você menciona cgi/php , então eu suponho que você esteja servindo uma página que gere o html executando um script php no diretório cgi/php sob a raiz da sua página.
Se esse for o caso, se a raiz da sua página for foo , a página que você está visualizando está em foo/cgi/php/ e provavelmente seu arquivo javascript está em foo . Tente especificar o caminho correto:
<script type="text/javascript" src="../../jquery.js"></script>
Ou até mesmo o URL completo:
<script type="text/javascript" src="http://www.foo.com/jquery.js"></script>