Quando o Excel é executado a partir do Agendador de Tarefas, ele sempre fica oculto como um processo porque está sendo executado a partir do serviço, ao passo que, quando você o executa manualmente, não é.
Anteriormente, eu tive problemas semelhantes, e a maneira como resolvi isso foi criando um arquivo em lotes. Eu deixei o agendador de tarefas executar o arquivo em lotes e, em seguida, deixei o arquivo em lotes executar o Excel / scripts / macros. Isso permite que o Excel seja aberto da mesma maneira que você faria se fosse aberto manualmente.
Se você não estiver familiarizado com arquivos em lote, basta google "lote .bat como criar" e há uma abundância de informações lá fora sobre ele para você.
Por outro lado, usar seu "problema" é uma ótima maneira de automatizar relatórios e executá-los em segundo plano, em vez de se exibir, o que pode ser útil em outras situações.
Espero que isso ajude!