O processo detalhado parece ser bom.
Eu fiz algo semelhante ao atualizar meu Boot Camp do Windows 7 para o Windows 8; Eu queria um novo começo, então fiz backup dos meus dados, apaguei a partição e instalei o Windows 8. Tudo correu bem: nenhuma alteração na minha partição do Mac ou qualquer outra coisa.
Como o Darius mencionou, certifique-se de estar copiando tudo que você precisa da partição do Windows antes de destruí-lo.
Se você tiver um segundo disco rígido ou espaço na partição do Mac, talvez valha a pena criar uma imagem de disco completa da partição que você possa montar, se precisar de dados, e excluí-la assim que souber que tem tudo. Vá para o Utilitário de Disco, selecione a partição do Boot Camp e clique em Nova Imagem na barra de ferramentas ou pressione Arquivo → Novo → Imagem de Disco do "Boot Camp".