Se você tiver partições separadas para / home / e /, não há problema.
Faça o download da nova versão do Kubuntu e coloque-a em um stick USB para segurança extra. Agora faça um upgrade para 13.10 e veja se isso funciona. A atualização não tocará em sua partição / home em nenhum caso.
Se tudo correr bem e você gostar, ótimo. Caso contrário, com o stick USB já preparado, faça uma nova instalação. Quando se trata de particionar seu disco, escolha Manual e instale apenas a partição / no antigo / partição. Você vai querer imitar essa partição. Mas diga ao instalador para não formatar sua partição antiga / home, apenas monte-a em / home. E você está feito.