Acredito que a questão é que os pendrives costumam ter um tempo de vida relativamente curto quando submetidos aos rigores de ser um disco de inicialização. Você sempre pode tentar, mas muitas vezes eles morrem depois de apenas alguns meses. Em geral, é uma boa ideia optar por um disco de maior qualidade e mais rápido, para melhores chances de durar.
Um pequeno SSD seria sua melhor aposta. Ou você pode experimentar o USB, mas mantenha os backups.