O linux (o kernel) não possui nenhum buffer da área de transferência. com o que você provavelmente está se confundindo são os buffers de seleção X11, existem três deles: primário, secundário e área de transferência. Se você quiser que isso desapareça, olhe o link que sincroniza o primário com a área de transferência. mas no que diz respeito aos diferentes pressionamentos de tecla entre aplicativos, você precisa aturar as diferenças.