Encontre este site link - terceiro post escrito abaixo por Kelly:
Files not being listed in the Recycle Bin seem to be related to a corrupt info2 file. To correct the issue (Fat32):
Go to Start/Run and type in CMD:
Type CD \RECYCLED, and then press ENTER. Type ATTRIB -r -s -h info2, and then press ENTER. Type DEL INFO2, and then press ENTER.
NOTE: This deletes the damaged INFO2 file. Windows will recreate this file as needed, automatically.
Isso pode ou não ser relevante para o seu caso, pois ela menciona o FAT32 como sistema de particionamento.
EDIT: ela também menciona seu próprio site: link com mais dicas de solução de problemas para esse problema.