De acordo com isso é opcional.
"Por padrão, o Windows 7 e posterior são inicializados a partir de uma pequena partição especial. A partição contém arquivos necessários para inicializar o sistema. O Windows permite que somente aplicativos com privilégios de administrador gravem na partição (quando o sistema estiver em execução) O TrueCrypt criptografa a partição apenas se você optar por criptografar toda a unidade do sistema (em vez de optar por criptografar apenas a partição em que o Windows está instalado). "
Se você criptografar toda a unidade do sistema, ela sobrescreverá o gerenciador de inicialização, mas se você deixar a partição de inicialização, o Truecrypt poderá ser iniciado a partir dela para o restante da unidade.