Excluir tudo move apenas itens que residem na pasta selecionada (excluindo subpastas). Para alcançar o resultado desejado, você precisará escrever um script de VBA assim:
Private Sub CleanSubfolders(ByVal Folder As Folder)
For i = Folder.Items.Count To 1 Step -1
Folder.Items(i).Delete
Next
For Each Folder In Folder.Folders
CleanSubfolders Folder
Next
End Sub
Sub CleanFolders()
Set Folder = Session.PickFolder()
If Not Folder Is Nothing Then
CleanSubfolders Folder
End If
End Sub
A execução da macro CleanFolders excluirá efetivamente todos os itens da pasta selecionada, incluindo todas as suas subpastas.