mysqld_safe é um programa que gerencia o lançamento de mysqld e espera por um valor de retorno para determinar se o id mysqld tinha terminado normalmente (através de um desligamento normal) ou não. Em alguns casos, o mysqld_safe tentará reiniciar o mysqld se ele falhar.
Você deve matar o processo mysqld_safe na memória.
Em seguida, execute
mysqladmin -uroot -p shutdown
Último recurso, mate o mysqld.