A melhor coisa a fazer é executar o comando "ps -A" para ver os processos em execução. Certifique-se de não estar executando nenhum programa crítico e saia do maior número de programas possível, pois isso mostrará menos processos no comando "ps -A".
Em seguida, você prossegue para matar cada um dos processos, um de cada vez, até que as janelas fantasmas desapareçam. Tome nota dos programas antes de matá-los. Isto é, caso você mate um processo que embaralhe seu computador (memória, você pode sempre reinicializar). O que significa que você reinicia e começa novamente na próxima vez que a janela aparecer.
É um processo iterativo, mas ajudará você a encontrar falhas.
Quando você encontrar o programa incorreto, remova-o ou defina seu atributo para que ele não possa ser executado.
Procure também no google os processos que você vê, o que lhe dá uma idéia do que é um processo normal e dos quais você não encontra nenhuma referência a qual possa ser o culpado.