Você deve criar arquivos .desktop personalizados com o ícone correspondente que deseja exibir no seu dock, i. e. este é o meu arquivo minecraft .desktop
personalizado:
[Desktop Entry]
Name=Minecraft
Exec=java -jar /home/myuser/.launchers/Minecraft.jar
Icon=/home/myuser/.launchers/minecraft.png
Type=Application
Substituindo Exec
pelo programa que você deseja executar e Icon
pelo caminho completo do seu ícone, e não se esqueça de conceder permissões de execução ao arquivo.