As diferentes fontes de informação e sua prioridade são definidas no arquivo de configuração /etc/nssswitch.conf . Esses arquivos de configuração listam quais módulos NSS devem ser usados quando funções como getgroups() ou getpwent() e outras são usadas.
Sua postagem sugere que seu sistema use um diretório LDAP como uma fonte para usuários e grupos, portanto, os grupos que você vê provavelmente vêm do módulo libnss_ldap . Dependendo da configuração de /etc/nsswitch.conf , os grupos definidos localmente podem substituir o que os módulos LDAP NSS retornam. Os módulos LDAP NSS também podem ser configurados diferentemente entre seus dois hosts.