Então, você está usando; no mais tardar OS X 10.4 certo? Sinceramente, eu faria uma reinstalação completa do sistema operacional e dos aplicativos, porque a quantidade de arquivos provavelmente está fora dos limites.
btw o fato de que o boot seguro corrige isso, significa que é um problema com um cache em algum lugar, boa sorte em encontrar o cara.