Na janela de marcadores, qualquer marcador único pode ser desativado desmarcando a caixa de seleção à esquerda da legenda do marcador. Assim no Visual Studio 2013:
Você também pode desativar um marcador Ativo pelo menu Editar > Marcadores e selecionar o item de menu Habilitar marcador . O nome desse item de menu não está totalmente correto, pois, na verdade, alterna o marcador atual entre os estados ativado / desativado.