Como @Oxymoron disse, é provavelmente um problema de fim de linha.
Verifique core.autocrlf para garantir que os valores sejam os mesmos nas duas máquinas.
Há um grande debate sobre qual deveria ser o "valor correto".
O pessoal desse segmento SO recomenda false (e eu também, mas eu raramente escrevo arquivos que são usados em várias plataformas).
