Não faz qualquer diferença, qualquer saída de vídeo pode se tornar dupla (ou mais) monitores, por exemplo, esta é a minha configuração, no linux
xrandr --output LVDS1 --off
xrandr --output HDMI1 --auto --left-of HDMI2 --auto
xrandr --output HDMI2 --auto --rotate left
que desliga o laptop lcd, torna tudo disponível em duas portas hdmi, não importa se algum ou ambos são VGA padrão.
a propósito, algumas placas gráficas têm limitações no número de portas concorrentes que poderiam ser ativadas, embora eu nunca tenha visto com menos de duas.
espero que isso ajude