A única diferença realmente grande entre instalar coisas do Centro de Software ou outro gui e fazê-lo a partir da linha de comando é quando as coisas dão errado.
Na maioria das guis, as mensagens de erro de instalação estão ocultas e elas apenas fornecem uma mensagem geral de que não funcionou. Quando você faz isso a partir da linha de comando, você vê todas as mensagens geradas. Muitas vezes, essa informação pode ser usada para corrigir o problema ou lhe dirá por que você provavelmente não quer consertá-lo. Por exemplo. instalar o pacote iria quebrar ou desinstalar outros pacotes que já estão instalados.
Às vezes, um pacote falha ao instalar apenas porque uma de suas dependências não está instalada (e a instalação normal não corrige automaticamente como a maioria faz). Quando isso acontece, muitas vezes você pode simplesmente instalar o pacote ausente primeiro e, em seguida, sua instalação será bem-sucedida.
Além disso, o apt-get irá informá-lo de outros pacotes associados que são "recomendados" junto com o seu pacote, para que você possa consultá-los e ver se você deseja algum deles.
Ele também informa sobre quaisquer pacotes instalados anteriormente que provavelmente não são mais necessários e informa como removê-los.
Você não deve adicionar / excluir pacotes de nenhuma das duas últimas etapas sem revisar cuidadosamente os pacotes envolvidos, mas geralmente é seguro.
No Ubuntu 12.04, aplicativos recém-instalados são adicionados ao lançador por padrão, mas isso só acontece para aplicativos instalados usando o Centro de Software.