Você pode fazer algo assim na linha de comando: "nome do comando" > cmd.log. Isso enviará a saída do comando para o arquivo cmd.log.
Editar:
Acho que você pode querer usar o PsExec (technet.microsoft.com/pl-PL/sysinternals/bb897553.aspx). Usando isso, você pode invocar comandos remotos. Eu acho que você pode manter os arquivos de comando localmente e pode fazê-los executar no servidor remoto.