Foi assim na versão anterior, não sei sobre o windows 8.1, mas deve estar nas configurações do IE
Vá para o IE "Opções da Internet" e depois "Programas" e desmarque a caixa, como abaixo
Estou usando o Win8.1 e defini o Firefox como navegador padrão, também considerando todos os padrões aceitos (por meio de programas padrão), mas quando preciso abrir algum site no IE11, ele sempre me irrita com a mensagem "don não perca o navegador que foi desenvolvido especialmente para o Windows "(minha tradução, veja a captura de tela para a mensagem em alemão ).
Há um botão "Não, obrigado", mas não há como dizer "e não se incomode em perguntar-me no futuro".
EDIT: Não há captura de tela devido a problemas com pontos estúpidos.
Foi assim na versão anterior, não sei sobre o windows 8.1, mas deve estar nas configurações do IE
Vá para o IE "Opções da Internet" e depois "Programas" e desmarque a caixa, como abaixo