Eu não estou familiarizado com o Java, mas estou familiarizado com o lote:
pushd "C:\Documents and Settings\%username%\My Documents\"
start javaw -jar myApp.jar
Isso funcionará se o comando start javaw -jar myApp.jar
for um comando válido
Você também pode usar isso:
pushd "C:\Documents and Settings\%username%\My Documents\"
start javaw -jar myApp.jar
pause
Dessa forma, ele será interrompido para a entrada do usuário antes de fechar o lote, para que você possa ver o que o arquivo em lote faz
Uma vez que você o tenha executado, basta adicionar @echo off
como linha 1 e remover pause
. Isso fará com que pareça um pouco melhor (Clean scripting)