TL; DR; Sim, você pode.
Ligeiramente mais longo:
O PCI Express é compatível com versões anteriores. Você pode executar um dispositivo de versão 1 PCI-e é um slot de versão 2 PCI-e. Você só obterá a velocidade da versão 1 do PCI-e (que é de até 2,5 megabits por pista).
Quanto ao X16: Você pode executar qualquer cartão em qualquer slot em que se encaixa. Ele usará a combinação máxima disponível de faixas.