Se o seu script estiver usando o aplicativo / ferramenta / comando que usa o fork, o fluxo não terá uso. Nesse caso, você tem duas opções IMO:
1) reescreva seu script para que seja compatível com o mecanismo de modelagem de traços. sem bifurcação.
2) se você pode definir regras específicas por fonte / dest ip / port do tráfego do seu script está gerando, então você acharia o comando tc bastante útil. dê uma olhada nas amostras aqui