Esse não é o comportamento esperado. A seguir está a documentação da função para package-menu-mark-upgrade
no GNU Emacs 24.3.1:
Mark all upgradable packages in the Package Menu. For each installed package with a newer version available, place an (I)nstall flag on the available version and a (D)elete flag on the installed version. A subsequent M-x package-menu-execute call will upgrade the package.
Posso confirmar essa atualização de que um pacote excluirá (ou pelo menos tentará excluir) a versão antiga do pacote.