Vá para o diretório em uma janela do Terminal e execute o seguinte:
find . -type d -depth 1 -exec zip -r {}.zip {} \;
-
%código%
- pesquisa o caminho
-
%código%
- apenas permite diretórios
-
%código%
- até uma profundidade de um
-
%código%
- execute
find .
para cada resultado-type d
você encontra
- execute
E finalmente -depth 1
, que fecha os diretórios de forma recursiva.