Pode ser que sua configuração do phpmyadmin tenha sido um pouco "customizada" e que não seja mais compatível com a configuração do seu servidor MySQL. Normalmente, isso deve ser feito corretamente ao atualizar os dois.
Se você não entende sua configuração do phpmyadmin ou não a configurou, alguns problemas com a configuração do phpmyadmin no Debian / Ubuntu podem ser superados pela limpeza e pela reinstalação do pacote phpmyadmin, ou talvez simplesmente com sudo dpkg-reconfigure phpmyadmin
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