Como funciona a partir da linha de comando, meu palpite é que é preciso quase o mesmo tempo, mas a GUI está interpretando mal o tempo restante para ficar preso "um segundo a esquerda".
É difícil calcular quanto tempo levará uma transferência para USB, pois a velocidade real da cópia variará com o tempo. Então sua interface gráfica acha que levará 3 minutos porque no começo ela está indo muito rápido, mas está errado, então a contagem regressiva pára em -1 segundo e fica lá por um tempo. Se você cronometrar a linha de comando e as transferências gráficas, acho que você perceberá que elas levam o mesmo (ou quase o mesmo) tempo.