Se os arquivos estiverem ocultos, tente fazer algo como this
Se eles tiverem sido excluídos, tente Recuva , mas se isso acontecer, você verá espaço livre.
EDIT: de acordo com o comentário, o problema pode estar em outro lugar, talvez o vírus tenha mexido nos arquivos e colocado em outro lugar. Use WinDirStat ou algum outro visualizador de estatísticas de uso de disco para saber onde a maior parte do espaço foi usado.
EDIT + UPDATE:
Para restaurar pastas ocultas ao seu estado original, você deve fazer o seguinte. Observe que estou em uma versão em português do Windows XP, mas o núcleo está lá, deve ser transversal ao Windows 7 ou 8 e facilitará o entendimento:
Supondo que você tenha uma mistura de pastas ocultas e não ocultas, como as seguintes ...

...selecionetodos,pressioneobotãodireitoemqualquerpastaeváparaProperties.Vocêpodefazeromesmonabarrademenu,masassimficamaisfácil.
Uma janela como a seguinte será exibida. Desmarque a caixa de seleção Hidden (na minha versão rotulada Oculto ) e, em seguida, pressione Apply .

SevocêestiverfazendoissoapartirdeumaPartiçãoNTFS(provavelmente,amenosqueessesarquivosestejamemumaunidadeexterna)outrajanelaapareceráperguntandosevocêdesejafazeressaalteraçãoemALLarquivos,mesmoaquelesincluídosdentrodaspastaseaquelesdentrodaspastasdentrodaspastaseassimpordiante.Aprincipaldesvantagememfazerissoéquealgunsarquivosdesistema(asaber,desktop.iniethumbs.dbserãoexibidosapartirdeagora,mesmoquevocêtenhaaopção"Mostrar arquivos ocultos" desabilitada). Se isso incomodar, verifique dentro das pastas ocultas se os arquivos dentro deles também estão ocultos. Se eles são, é menos incômodo permitir isso, a menos que você queira fazer isso repetidas vezes.

Porfim,oresultadofinaléalgoassim.Todososarquivosforamexibidos.