A maneira como você usou o dispositivo deve estar bem. É altamente improvável que o Linux não consiga lidar com o sistema de arquivos encontrado em um dispositivo de armazenamento em massa "comum".
Mas o que provavelmente deu errado (e geralmente acontece comigo): o buffer do sistema de arquivos não foi gravado no disco. O acesso de leitura / gravação em dispositivos de armazenamento em massa é buffer de memória, o que significa que antes de desconectar o dispositivo, certifique-se de que o buffer tenha sido sincronizado pelo sistema operacional - umount -ing do dispositivo ou executando o comando sync .