Acho que o Windows não permite o iso9660 em um pendrive que responda como dispositivo de armazenamento em massa, em vez de um drive de CD-ROM.
Ele só permite que você use um pendrive com suporte a u3. Existem ferramentas para sobrescrever esses bastões para fornecer a imagem iso de sua escolha.
por exemplo. link
O Linux suporta o sistema de arquivos iso9660 em todos os dispositivos. ( link )