Para a primeira linha:
Localizar: .*\$.*/([^\*]*) *-I *-Y *-R *-V *(.*)
Substituir: tf get . $1 /all /version:$2
Para a segunda linha:
Localizar: .*\$.*/\*\.\* *-I *-Y *-R *-V *(.*)
.*\$.*/(.*)/\*\.\* *-I *-Y *-R *-V *(.*)
Substituir: tf get . /all /recursive /version:$1
tf get $1 /all /recursive /version:$2
Esses regexes endereçam a possível falta ou espaço em branco extra entre seus argumentos, mas eles esperam que seus argumentos estejam na ordem que você especificou (ou seja, -I, -Y, -R, -V). Se os seus argumentos não estiverem sempre nessa ordem, teremos que ser mais criativos.
Testado no Notepad ++ 6.3.3
Se você precisar / quiser tentar ajustá-lo, recomendo usar a ferramenta regex gskinner . É excelente para regexes de prototipagem rápida.