Descobri isso. Você estava perto, mas precisava do comando --files-from. Seu exemplo pareceu querer excluir a lista de CSV. Enfim, isso acabou funcionando.
rsync -avr /rootfolder/ --files-from 'test.csv' /destinationfolder/
Eu fiz algumas pesquisas e parece que o rsync é o único método que pode me ajudar a conseguir isso. Eu quero especificar uma lista de pastas em um CSV que pode dizer ao rsync para copiá-las para outra pasta especificada. Meu caso de uso é que eu tenho uma pasta raiz cheia de milhares de subpastas, todas com suas próprias subpastas e arquivos. Quero copiar um número especificado dessas pastas da pasta raiz para outro local.
Qualquer ajuda seria muito apreciada.
Algo parecido com isto?
cd $src ; rsync $( awk -F';' '{print $1}' $csvfile ) $dst