Existe uma diferença entre essas duas linhas?:
xcopy C:\source X:\destination /s /d
xcopy C:\source X:\destination /d /s
Eu notei que com o primeiro eu também copio arquivos mais novos em subpasta, com o segundo eu não faço. Somente se a pasta for mais recente, ela também será copiada.
Você pode confirmar que o pedido de listagem da opção é importante?
Não, a ordem das opções não deve fazer diferença.
Em geral, a ordem é importante apenas em relação a origem e destino, ou entrada e saída. Internamente, o programa leria todas as opções que você colocasse, ativaria as ações correspondentes e então as executaria de uma só vez.