Geralmente, rsync
criará uma cópia do arquivo e a moverá para o local assim que a cópia for concluída. É muito improvável que tenha corrompido um arquivo. Não altera os arquivos que está lendo. (Embora o sistema operacional possa atualizar o último registro de data e hora acessado.)
Existe uma opção para atualizar os arquivos que podem causar danos (dados inconsistentes) se estiverem atualizando um arquivo. Eu usei apenas para copiar arquivos de log e configurá-lo para assumir que a parte do arquivo já copiada não foi alterada.
É provável que você tenha apenas um backup parcial, com alguns arquivos em backup e outros não. Executar novamente rsync
deve completar o backup.