Bem, para manter as coisas limpas, não é o diretório de instalação do Vagrant em si que é importante, mas sim o diretório do seu projeto. link
Eu sugeriria talvez criar uma pasta de VM diretamente em seu diretório Users / NameOfYourUser, em vez de em seu diretório raiz ou em um diretório / opt ou / usr ou / var, porque tornará os direitos e a propriedade muito mais fáceis gerenciar.
A instalação do Vagrant na sua pasta Aplicativos torna-o disponível no sistema (> > PATH), que é o que você precisa, então sugiro que você o mantenha lá.