Um motivo provável é que o servidor está ficando sem memória e o processo está sendo eliminado pelo assassino da OOM . Este é um mecanismo no Linux que mata processos de baixa prioridade quando o sistema está ficando sem memória.
Se este for o caso, você deve ser capaz de corrigi-lo i) reduzindo a quantidade de memória que você permite que seu processo java tome, ii) aumentando a prioridade do processo ( nice -15
) ou iii) aumentando sua disponibilidade memória.