Eu encontrei uma recomendação para executar o Tuxboot como administrador, o que não me ajudou (mas talvez ele ajude você).
Eu resolvi o erro "bootmgr está faltando" formatando a unidade flash como FAT32 e, em seguida, executando o Tuxboot novamente. Ainda recebi a mensagem de erro, mas minha unidade de recuperação foi criada com sucesso.