É muito fácil usar um utilitário híbrido JScript / em lote chamado REPL.BAT que executa a pesquisa em regex e substitui o stdin e grava o resultado em stdout. O utilitário é puro script que é executado em qualquer versão do Windows a partir do XP; nenhum download exe necessário. O REPL.BAT está disponível aqui. A documentação completa está incorporada no script.
Supondo que o REPL.BAT está no seu diretório atual, ou melhor ainda, em algum lugar dentro do seu PATH:
@echo off
set "file=yourFile.txt"
type "%file%" | repl "(\d{4})/(\d\d)/(\d\d)" "$1-$2-$3" >"%file%.new"
move /y "%file%.new" "%file%" >nul
A expressão regular pode ser ajustada conforme necessário para tornar a pesquisa e a substituição tão específicas quanto forem necessárias.