Eu não estou familiarizado com o registro do Windows, mas parece que você já explorou esse lado das coisas.
Se a formatação do stick não for uma opção e você não puder recuperar os dados do stick quando estiver conectado a outra máquina laptop / Windows, minha sugestão seria inicializar uma cópia ao vivo de uma distribuição Linux, por exemplo Lubuntu usando outro pen drive USB ou CD, em seguida, conecte o stick e veja se você pode recuperar os dados que você precisa. Você pode usar qualquer software de particionamento na distro para excluir e reparticionar o drive USB.
Tenho certeza de que mais pessoas conhecedoras poderão identificar o problema a partir das informações que você postou.