Veja se isso funciona - inclua o caminho exato para o arquivo e veja se ele é excluído. Se isso acontecer, você pode tentar caminhos relativos.
SETUP="%comspec%" /c del "c:\program location\file-to-delete"
Se isso falhar, inclua este comando em um arquivo bat localizado onde o arquivo está e, em seguida, use o arquivo bat para excluir o arquivo SFX, na diretiva WinRar.
@echo off
del "file-to-delete"