Parece que a melhor opção no meu caso particular é copiar manualmente tudo para 'semear' o diretório de backup, depois usar o Foldersync com um compartilhamento SMB para mantê-lo em sincronia. Foldersync over sftp pode até ser uma opção; ainda não tentei. WebDAV para owncloud é muito lento.
Uma coisa que notei é que a cópia local ignorou arquivos que estão ocultos no Android, além de ser bem automatizada depois de configurada, essa abordagem captura esses arquivos adicionais.