Você não deve tentar atualizar pacotes fornecidos pelo Plesk com outros pacotes. Eles entrarão em conflito uns com os outros ou o gerenciamento de pacotes não permitirá que você os instale por causa de conflitos de pacotes.
Adicionalmente, os pacotes do Plesk geralmente são strongmente corrigidos de acordo com as necessidades do Plesk, portanto, mesmo que você consiga instalar outro nginx, o Plesk provavelmente não será capaz de trabalhar com ele. Você terá que esperar até que o pacote Plesk seja atualizado.