A raiz (/) é a raiz de todo o sistema de arquivos ao qual outros diretórios podem ser montados em várias ramificações do sistema de arquivos. Uma dessas ramificações é /home/ e, nesse diretório, usuários individuais têm um "diretório base" usando seu nome de usuário. Em seu diretório home, todos os seus diretórios pessoais, como músicas, documentos, etc.
Em teoria, você pode manter seu diretório pessoal, mas muitas preferências, etc, são armazenadas lá, e permanecerão mesmo se não forem usadas. Quando você instala uma nova versão, você deve especificar sua partição /home para ser montada na nova instalação e ela será usada como se ela não estivesse separada.