você provavelmente precisará assinar seu arquivo jar. Os jars assinados são executados com privilégios mais altos por padrão que os não-assinados. quando o software está sendo executado na área de trabalho, ele usa os privilégios de usuários locais e pode gravar em arquivos, mas quando colocado em um site, não consegue fazer muita coisa no sistema local. já que você disse que estava executando via eclipse, parece que seu código foi alterado e a assinatura original não é mais válida.