Por exemplo, eu quero ativar o plugin SmoothScroll no meu PC, mas eu prefiro que ele seja desativado no macbook, já que a rolagem por toque padrão funciona bem no mac. Acho que o Chrome faz um trabalho muito bom de sincronizar tudo, incluindo a configuração "Ativado" de cada plug-in. Mas eu prefiro que seja deixado em paz para que possa ser personalizado com base no computador.
A única maneira de pensar é parar de sincronizar as extensões para que, se você desativá-las no seu mac, elas não sejam desativadas no seu PC.
Você também pode usar uma extensão como Contexto para selecionar quando as extensões estão ativadas ou desativadas ou tente automação da extensão