Se você tiver acesso à linha de comando do servidor, faça o logon e agrupe-os em um arquivo com zip, gzip, bzip ou tar (o que estiver disponível e puder ser revertido no destino - você não disse quais sistemas operacionais estão envolvidos). Isso reduz o número de arquivos _e _ o número total de bytes a serem transferidos.
Se você só tem acesso FTP ao servidor: alguns servidores estão configurados para entregar um arquivo zip / gzip (que eles criam em tempo real) se você apenas pedir por ele. Por exemplo, se seus arquivos estiverem em ftp://example.com/some/folder/ , tente buscar ftp://example.com/some/folder.zip . Pode não funcionar, mas vale a pena tentar.