Eu suponho que você quis perguntar
How to check lines in two txt files and save lines that aren't in both of them in new text file?
Uma boa ferramenta de linha de comando é o diff, que você pode obter aqui para Windows. Se é isso que você está procurando, então Como posso obter o diff para mostrar apenas as linhas adicionadas e excluídas responde à sua pergunta.
Esta questão link lista ferramentas de comparação para Janelas.
A Wikipédia possui uma lista de ferramentas de comparação de texto .