Se o CD foi criado com algum utilitário de backup, basta criar uma nova unidade virtual e inicializar o CD do software de recuperação. Esse software de recuperação deve solicitar a mídia de recuperação e fazer malabarismos entre o CD de recuperação e o CD da mídia de recuperação (seu backup potencial). Você também pode copiar o backup para uma segunda unidade virtual montada, se o software de recuperação antigo não puder manipular vários cds.
Mas se o seu CD for apenas o conteúdo do seu Windows 98, e não um backup, então criar uma nova máquina virtual Win98 e copiar seus arquivos de backup é o caminho a ser seguido. A vantagem de criar uma nova instalação é que todos os drivers para a VM serão configurados durante a instalação, evitando problemas se a sua antiga máquina win98 tiver algum hardware que não corresponda à Máquina Virtual, etc.